今日もガンプラを買いに出かけた帰り道に不思議な祠を見つけたケロロと冬樹。その中にあった壷をケロロは割ってしまう。 翌日から街に起こり始める様々な異変。それはケロロが壷を割ったため、ケロン星の古代最終兵器・キルルの封印が解けたせいらしい。ケロロたちの前に現れたミララは、キルルについて教えるが…。
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